對于引起學校恐怖癥的原因，大多數學者認為，年幼兒童與分離性焦慮有關，年長兒童才是真正的學校恐怖癥。按照精神分析學說的理論，孩子拒絕上學與其說是害怕學校，不如說是害怕離開母親，所以是一種擔心分離的恐怖。
行為學派認為學校恐怖是一種反應性及操作性學習行為，在恐懼事物的經歷上學習而得。比如兒童遇到過分嚴厲的老師，在學校其他活動中的失敗，挫折后產生強烈的情緒反應，因為害怕再次面對或重新體驗這種痛苦，于是產生回避行為，寧愿呆在家里而拒絕去學校。
親子關系不正常，引起分離性焦慮導致學校恐怖癥常有四種情況；1.母親是慢性焦慮患者，希望子女留在家里陪伴自己。2.孩子擔心去學校后母親會遭到不幸，因此，自己要求留在家中。3.孩子擔心自己離開家后會受到意外傷害，覺得家里最安全故不愿去學校。4.父母害怕孩子在學校會遭到不測。
學校恐怖癥最直接的誘因常常是學習上的失敗及孩子在家庭中發生了某種重大的變故。可以根據這些原因進行治療。